El retablo de la Capilla de la Piedad de la Parroquia de San Miguel es impresionante. La capilla fue encargada por el oñatiarra D. Rodrigo Mercado de Zuazola, presidente de la Real Chancillería de Granada y luego, Obispo de Ávila, y se encuentra en un lateral del altar mayor, en el mismo lugar donde se ubica mausoleo del Obispo. El retablo se trata de un trabajo de talla en madera trazado por el Vallisoletano Gaspar de Tordesillas que representa escenas de la Pasión de Jesús y de la vida de María.
No muy lejos, en la Capilla Sancti Spiritu de la Universidad, se encuentra otra obra maestra de mediados del siglo XVI: el retablo renacentista de San Miguel y el Espíritu Santo atribuido al francés Pierres Picart. De estructura clara y regular, sobresalen las imágenes situadas en las hornacinas de la calle central. El movimiento de los pliegues y de las figuras confieren al conjunto gran dinamismo, cercano ya al estilo manierista.
En la iglesia del Monasterio de Bidaurreta se halla otro ejemplo interesante del renacimiento. El retablo realizado por Juan de Olazarán, originariamente estuvo en el altar mayor desde 1533 a 1753, y posteriormente se pasó al crucero. El ingenio del artista destaca a la hora de realizar los apóstoles de la predela. Los dispone en grupos de a tres y cada uno con su atributo: San Pedro con la llave, Santiago con el báculo y sombrero de peregrino, San Juan con el cáliz…
En la parroquia de San Miguel de Oñati merece mencionar el Retablo de San Miguel del altar mayor. Este retablo de estilo barroco churrigueresco lo realiza Juan Bautista de Suso entre 1714 y 1717. La parte arquitectónica aparece policromada y de ella sobresalen varias columnas salomónicas confiriendo movimiento a todo el conjunto.
El Retablo de la Coronación del altar mayor de la Iglesia del Monasterio de Bidaurreta también se realiza en el siglo XVIII. Resulta impresionante tanto por el carácter barroco-rococó de la obra arquitectónica como por la calidad de las esculturas atribuidas a José Sierra.
El altar mayor de la Basílica de Arantzazu se decora con unos de los retablos más impresionantes del siglo XX. Realizado por Lucio Muñoz en la década de los 60, evoca el paisaje que rodea el entorno a través de 622 m2 de madera policromada. En la hornacina situada en el centro se sitúa la imagen de la Virgen de Arantzazu.
